新冠肺炎後遺症（又稱長新冠，英文long covid）在西方醫界稱為「艱辛的長途」（long-haul），用來形容一旦出現後遺症將是一條漫長、艱苦的恢復之路。
新冠後遺症的症狀據統計有200多種，遍及全身各器官，彰化基督教醫院胸腔內科林俊維醫師指出，有研究顯示，40％有後遺症的新冠確診者會影響到日常生活機能，最常出現的症狀包括：
疲倦（53.1%）
喘（43.4%）
認知情緒障礙（約40％）
關節痛（27.3%）
胸痛（21.7%）
咳嗽（15.4%）
嗅覺味覺異常（13.1%）
台灣常見後遺症包括失眠、咳嗽、喘、疲乏無力、腦霧、皮疹、胸悶、頭痛、頭暈等。
新冠後遺症明確的原因目前還不清楚，不過科學家推測有以下原因：
免疫系統被病毒打亂，導致雖然痊癒、沒有症狀，但免疫系統仍持續活耀、傷害身體。
病毒造成血管堵塞。
細胞粒線體被病毒破壞。粒線體是細胞的發電機，粒線體功能失常、細胞沒有動力，就會導致疲倦、虛弱。
病毒沒有完全被清除。這個原因中、西醫都認同。台北醫學大學附設醫院防疫專責病房暨胸腔內科主任周俊良醫師收治後遺症患者，他指出許多人的後遺症是胸悶、吸不到空氣或會喘，這些病人大多原本有過敏、慢行鼻炎或氣喘，染疫痊癒後，病毒在病人最脆弱的地方持續發作。
長新冠中醫治療推薦即使痊癒、沒有症狀，快篩時還是陰性或陰陽不定，就是病邪尚未被清除。中醫有「邪伏膜原」的說法，花蓮慈濟醫院中醫部主任何宗融醫師解釋，即使症狀消失，病毒會躲藏在黏膜、肌筋膜或血管內皮細胞中伺機而動，導致腸胃不適、肌肉痠痛等後遺症。
新冠後遺症目前沒有標準的治療方式，大多為症狀緩解或支持性療法。國內設有「新冠康復者整合門診」，有後遺症的人可以前往就醫。一般做法是，醫師會檢視病人症狀和病史，進行必要的檢查例如X光、認知能力檢查等，再轉診給專科處理。
中醫則是依照症狀、體質和脈象辯證論治，給予相對應的藥物，何宗融醫師指出，癒後益氣養陰、清除邪熱，結合個人體質、症型、經脈情況著手治療，個體化治療是中醫的強項。
中醫有很多方式可以處理新冠後遺症，若病邪未清，會使用魚腥草，若把脈診斷出是免疫系統仍然活躍、有慢性發炎的跡象，就會用黃岑。常見的咳嗽，也不只給止咳化痰藥物，還會針對脈象、體質、乾咳、有痰的咳、痰中有血絲或咳嗽併有胸悶或喘的問題，都可以用不同藥物來改善。